Carlos de los Cobos confirmó que Rodolfo Zelaya volverá a vestir la camiseta de la selección. El futbolista tuvo un buen regreso a Alianza, luego de estar en el Celaya del ascenso mexicano y se ganó un lugar entre los futbolistas que estarán presentes en el debut de la Selecta contra Granada y Montserrat por las Eliminatorias de Concacaf.
El último partido de él con el combinado nacional fue el 17 de noviembre del 2019 contra Montserrat por la Concacaf Nations League y fue triunfo de los centroamericanos por 1-0 con un tanto de Juan Portillo. Ese día, Fito estuvo desde el arranque y fue reemplazado a los 65 minutos por José David Díaz.
Desde el 2009 que Zelaya representa a la selección de El Salvador. Su debut ocurrió en la derrota 1-0 contra Costa Ricaen las Eliminatorias para el Mundial de Sudáfrica 2010. Ese día ingresó desde el banco contan solo 29años. Su primer gol lo haría a la siguiente fecha y vendría en triplicado:hat-trick para vencer 5-0 de local a Haití.
Luego de ese gran rendimiento, Fito se quedó con la titularidad estuvo convocado casi de manera ininterrumpida hasta el 2019 . Su vuelta será en un momento importante, cuando los cuscatlecos tengan que demostrar su supremacía en un grupo que promete ser más complicado de lo pensado.
En total, Zelaya disputó 46 partidos con la camiseta de la Selecta entre amistosos, Eliminatorias, Nations League y Copa Oro. Además, el delantero marcó 23 goles en estos partidos y promedio casi una anotación cada dos partidos.